CSNE koncentruje się na pięciu obszarach badawczych:

1.      Wizje Europy

2.      Nacjonalizm i integracja europejska

3.      Kultura, literatura i pamięć w relacjach polsko-niemieckich

4.      Dzieje Niemiec i kontrowersje polsko-niemieckie

5.      Polska i Niemcy w zjednoczonej Europie

Wokół nich koncentruje się tematyka projektów inredyscyplinarnych angażujących katedry CSNE oraz habilitacyjnych i doktorskich, które są podejmowane w placówce.